Berlatar belakang Tokyo jaman modern, berkisah mengenai petualangan sekelompok pemuda eklektik yang menyebut diri mereka “Phantom Thieves of Hearts”.

 
Bersama dengan perwujudan metafisika mereka bernama Persona, kelompok tersebut berusaha memecahkan kasus kejahatan dengan memperbaiki sumber kebusukan di dalam hati orang-orang.